Има три метода за програмиране на CNC машинни инструменти: ръчно програмиране, автоматично програмиране и обработващ център CAD/CAM.
Ръчно програмиране
Ръчното програмиране включва ръчно анализиране на чертежи на части, техники за обработка, извършване на числени изчисления, писане на програмни списъци и въвеждане и проверка на програмата. Подходящо е за обработка от точка-до-точка или части със сравнително проста геометрия; обаче отнема много време-и е склонен към грешки при програмиране на сложни части.
Автоматично програмиране
Автоматичното програмиране използва компютър или програмираща машина, за да завърши процеса на създаване на програма за детайли, което е много удобно за сложни части.
CAD/CAM
CAD/CAM софтуерът се използва за постигане на автоматично програмиране въз основа на моделиране и изображения. Най-типичният софтуер е MasterCAM, който може да програмира операции на фрезоване, като използва координатни системи с две-оси, три-оси, четири-оси и пет-оси, както и струговане и EDM. Въпреки че този тип софтуер има ограничена функционалност, той е лесен за научаване и сравнително евтин.
